藻類、藻毒素
它是一種肝毒素，具有強烈的促癌（肝癌）作用，長期飲用了含藻毒素的水后，會出現腹瀉、乏力、厭食、嘔吐、嗜睡、口眼分泌物增多等癥狀，皮膚接觸含藻毒素水體可引起敏感部位(如眼睛)和皮膚過敏，流行病學研究發現飲水中微量微囊藻毒素與人群中原發性肝癌的發病率有很大相關性。
鐵銹等重金屬
這些重金屬在水中不能被分解，人飲用后毒性放大，與水中的其他毒素結合生成毒性更大的有機物，一但進入人體很難排除。可引起人的頭痛、頭暈、失眠、健忘、神精錯亂、關節疼痛、結石等常見疾病，積累多時，對兒童造成智力低下；對中年人造成記憶力減退；對老年人造成癡呆，誘發各種慢性疾病及癌變。
3、退伍軍人桿菌（軍團桿菌）：肺部殺手軍團菌是人類肺炎的病原，可能導致致死性肺部感染。自來水水管用久后，發生生銹、藏有沉淀物等在水管中會藏匿軍團菌。軍團病是由軍團桿菌引起一種非常嚴重的、有時可以致命的肺炎。人工供水系統為軍團桿菌的大量繁殖提供生存環境，所以清洗水管非常必要。
4、病性大腸桿菌：釋放一種強烈的毒素，并可能導致腸管出現嚴重癥狀，包括嚴重的水瀉、帶血腹瀉、發燒、腹絞痛及嘔吐。湖南凈管家
5、霉菌：霉菌毒素：通過食品或飲用水可引起人急性或慢性中毒，表現為肝中毒、腎中毒、神經中毒和光致敏皮炎毒等。霉菌除了會直接引起中毒，或產生致癌物質，毒害人體外，還在人體內繁殖，引起霉菌性肺炎等疾病。或者引起的過敏性疾病，如支氣管哮喘、皮炎等。除急性中毒外，霉菌毒素的致癌作用對人類健康危害最大。
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